前面聊了大西军余部的抗清斗争，今天再聊聊大顺军余部的抗清斗争。
大顺军余部在李自成死后，归附南明，后期逐渐集中在了夔东地区。大概在如今的重庆和湖北交界地带，三峡地区。这里山高水急，形势险要，从军事上来说，是易守难攻的地方，但是这里也人烟稀少，生产很不发达，要维持一支足够强大的军队比较困难。
除此之外，明朝余部在这一地区也保有两只军事力量。
一是忠州，万县，梁山县的谭文，谭诣，谭弘，号称三谭。
二是施州的王光兴。
1658年清军大举向贵州、云南进攻的时候，永历朝廷为了缓解危机。派人联络三谭和夔东十三家。
让他们火速抽兵西上，进攻重庆，借以牵制清军南下。
永历朝廷大学士文安之当即组织三谭与驻守巫山、兴山一带的袁宗第、刘体纯、李来亨等，抽调精兵十六营乘船溯流而上。
川东各路将领知道唇亡齿寒的道理，所以同意出兵反攻重庆。
1658年七月，三谭和刘体纯等部明军曾一度进攻重庆。
清吴三桂带领的军队当时刚抵达遵义，准备向云南推进。他惟恐后路被截断，粮饷不继，率领主力赶回重庆防守。川东明军由于兵力不足，被吴三桂军击败。
十月，吴三桂部继续南下贵州。
十一月，川东明军再次西攻重庆。
由太监潘应龙联络三谭和“十三家”的水师乘船进发；
督师阁部文安之亲自统领刘体纯、袁宗第、塔天宝等全营主力沿长江两岸陆路前进。
十二月初二，谭文和镇北将军牟胜所部七千人乘船先行到达重庆城下，分三股攻城：
一路攻朝天门，一路攻临江门、千厮门，一路攻南纪门、储奇门、金子门。
清重庆夔州总兵程廷俊、建昌镇总兵王明德据城抵抗。
战至12月13日时，谭诣率领所部和十三家的袁尽孝部水师六七千人乘船也赶到重庆城下。
十五日，双方仍在激战之中，明军突然发生内乱。谭诣有心投降，但是谭文反对，于是谭诣就把谭文刺杀，率部降清，导致战役全局逆转。
清军守将重赏来使后，立即同谭诣一起反攻，谭文的部众和袁尽孝所统水师措手不及，大败而归。
由陆路进发的夔东军队行至丰都县时，传来了水师发生重大变故的消息，攻克重庆的目标已经难于实现，被迫回师东撤，忠州、万县地区也沦入清方之手。
1661年，此时的南明永历帝被俘，次年李定国病死。在中国陆地上继续坚持武装抗清的只剩下以大顺军余部为主的“夔东十三家”了。清廷终于腾出手来集中兵力镇压夔东抗清武装了。
1662年七月，清朝四川总督李国英向朝廷奏请发动清剿，这年九月兵部同意了李国英的建议，做出如下部署：
由湖广提督董学礼率总兵三员，兵三万，从湖广进剿；
陕西提督王一正率总兵二员，兵二万五千，另调河南省的河北镇总兵鲍照统兵五千，凑足三万，从陕西进剿；
四川由总督李国英亲自率领，带兵进剿。
三路大军于1662年12月20日左右，逼近抗清基地，同时发动进攻。
1663年正月初一，李国英趁新春佳节之际，带领总兵程廷俊、总兵梁加琦两部官兵从夔州出发，顺长江北岸前进，于初三日占领了大昌县。
驻守在这里的袁宗第部战败，退守茶园坪，又被围攻，只好带着残兵乘夜逃走，同房县的郝摇旗部汇合。
据守大昌北面大宁的是岐侯贺珍，这时已经病死，由其子贺道宁以富平伯名义统率部众。贺道宁见袁宗第败走，清兵逼近营垒，无心抵抗，于正月十八日向李国英投降。
不过，四川李国英部清军因为粮草不继，暂时停止了追击。
与此同时，湖广清军在提督董学礼率领下攻占了香溪口，这里是李来亨部据守的兴山县进入长江的重要通道。
正月上旬，陕西提督王一正带领陕西、河南兵也由平利县白土关进入湖北，攻占了竹山和竹溪二县。
二月十五日，郝摇旗率部同清军交战于房县境内，郝部被击败。
清军大军云集，郝摇旗因兵力不敌，在房县境内无法立足，于六月二十日带领部下士卒和家属放弃该县山中的营寨，取道上龛，在七月初十日到巴东县，同刘体纯部会合。郝摇旗经营了十二年的房县据点从此落入清军之手。
在清军步步进逼、形势逐渐恶化的情况下，郝摇旗同刘体纯商议采取以攻为守的战术，联合以兴山县为基地的李来亨部对清军实行反击，借以变被动为主动。
七月二十三日，李来亨、刘体纯、郝摇旗三部联合对湖广清军大举反击。董学礼指挥的三万清兵被杀得抱头鼠窜，一直逃回到夷陵。
取得东线重大胜利以后，李来亨、刘体纯、郝摇旗又联合袁宗第、党守素、塔天保、马腾云共计七部约五万大军乘胜西上，准备一举击破四川清军。
当时，清四川总督李国英统率的官兵已进抵巫山县城。部下除自己所带的官兵，还有不久前降清、熟悉三峡形势的谭诣、谭弘部水师，兵力相当雄厚。
八月二十四日，刘体纯，李来亨等七部数万之众乘船直抵巫山城下。
次日凌晨，开始强行攻城。巫山县地处长江三峡之中，县城面江背山，利于防守，李国英严厉督率部下官兵抵抗。双方拼死搏斗了几天以后，攻城明军补给出现问题，陷于饥疲交困之中。
九月初七日，李国英在黎明时分突然开城出战。刘体纯、李来亨不敌，被迫于次日撤退。
这年秋天，清廷接到湖广清军严重失利的报告，四川当局又一再求援，决定增派满洲八旗兵参战。
西安将军傅喀禅、副都统杜敏带领驻防西安满兵由陕入川，从水路于11月末抵达巫山；
另调京师八旗禁旅一万名，以都统穆里玛为靖西将军、都统图海为定西将军，前往湖广，加强东路清军实力。12月进至房县，从北面向兴山推进。
清政府重兵的集结，标志着一场大战即将开始。
从四川方面推进的满汉清兵在12月23日逼近了刘体纯的营垒，部下众多总兵先后降清。刘体纯见大势已去，同家属一道自缢而死。
二十六日，清军追到投靠刘体纯的郝摇旗、袁宗第，两人被清军擒获，后被杀。
在形势急剧恶化的情况下，据守长江南岸施州的荆国公王光兴降清。
这样，到1664年春天，原来的夔东十三家只剩下李来亨部仍然坚持于湖北兴山县境内的茅麓山区。
清靖西将军穆里玛统兵到达茅麓山下后，为了抢功，贸然进攻，伤亡惨重。
清军被迫改变策略，围而不攻，李来亨多次尝试突围失败！
双方一直僵持到1664年八月，李来亨寨内粮食全部吃完，军心不稳，少数官兵私自逃出向清方投降。
李来亨知道已经到了最后关头，他先把妻子杀死，放火烧毁房屋，然后自缢而死。
至此，以原大顺军余部为主体的夔东抗清斗争，以失败告终，大陆上公开以恢复明朝为旗帜的武装抗清运动结束了。
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